En avril 2008, Transparency France a publié un rapport sur la procédure du secret défense élaboré par un groupe de travail constitué de spécialistes (officiers de l’armée, avocats, juristes). Une première partie analyse le cadre français et identifie ses faiblesses. La seconde partie fait une série de recommandations pour modifier la procédure actuelle afin que les pouvoirs d’investigation des juges ne soient plus entravés.
Le rapport propose notamment de renforcer l’indépendance de la Commission Consultative du Secret de la Défense Nationale par rapport à l’exécutif, en la dotant d’un pouvoir de décision, et non plus seulement d’avis. La décision de lever ou non le secret doit en effet être prise dans des conditions d’impartialité indiscutables, ce qui ne peut être garanti que si la décision est rendue par un organisme indépendant. La décision de la Commission serait dès lors susceptible de recours devant une juridiction de droit commun.